Para eliminar un directorio que ya está en el index de GIT, primero hay que agregarlo al archivo .gitignore. Por ejemplo:
data/DoctrineORMModule/Proxy/
Sin embargo esto no resolverá el asunto. Es necesario eliminarlo explicitamente del index, utilizando el siguiente comando:
git rm -r –cached data/DoctrineORMModule/Proxy
Una vez hecho esto, se puede hacer un commit y actualizar el repositorio. En adelante el repositorio ignorará caulquier cambio en estos archivos.
Más sobre el asunto: https://stackoverflow.com/questions/1470572/ignoring-any-bin-directory-on-a-git-project